Это совсем маленькая заметка, даже не ожидал, что все так просто. Для того, чтобы добавить приложение в автозапуск, достаточно в компонент отвечающий за добавление exe файла добавить RegistryKey:
<Component Id="ProductComponent">
<File Source="$(var.EyeOfSauron.TargetPath)" />
<RegistryKey
Root="HKLM"
Key="SoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun">
<RegistryValue Type="string" Name="RunEyeOfSauron" Value="[INSTALLFOLDER]EyeOfSauron.exe"/>
</RegistryKey>
</Component>